بحث علمی و کلامی با نگاه بر مشترکات شیعه و سنی :
هرچند در قرآن، آياتى وجود دارد كه به گفته شيعه و اهل‏سنت، جز بر على(ع) و برخى ديگر از امامان برهيچ كس ديگرى قابل انطباق نيست، همچون آيه ولايت (مائده، 55)، آيه مباهله (آل عمران، 61) و... ولى به خاطر مصالحى، نام آنان به صراحت در قرآن نيامده است که آنها عبارتند از

1. در قرآن تنها كليات مسايل را بيان كرده و تبيين جزئيات آن، به پيامبر(ص) واگذار شده است. شخصى به نام ابى‏بصيرمى‏گويد: از امام صادق(ع) پرسيدم: «مردم مى‏گويند چرا از حضرت على (ع) و اهل‏بيت او نامى در قرآن كريم نيامده است؟» امام(ع) فرمودند: «به كسانى كه چنين اعتراضى مى‏كنند، بگوييد: همان گونه كه نماز در قرآن آمده، ولى سه يا چهار (ركعت) بودن آن مشخص نشده و پيامبر(ص) آن را براى مردم تفسير كرده، همچنين زكات (در قرآن) نازل شده، ولى مقدار آن مشخص نشده و رسول خدا(ص) آن را براى مردم تفسير كرده و... همين طور در قرآن آمده است كه (اطيعوا الله و اطيعواالرسول و أولى الأمر منكم)؛ (نساء، 59) «از خدا و رسولش و اولى‏الامر اطاعت كنيد.» اين آيه درباره على و حسن و حسين، نازل شده و پيامبر(ص) فرمود: «هركه من مولاى اويم، پس على مولاى اوست.» (يعنى همان گونه كه تفسير جزئيات نماز، زكات و حج به پيامبر(ص) واگذار شده كه دستورهاى الهى را به مردم برسانند معرفى «اولى الامر» نيز به ايشان واگذار شده تا آن‏ها را به مردم معرفى كنند .)» سپس امام صادق(ع) ساير آيات و رواياتى را كه در اين باره آمده، ذكر فرمود.
2. يكى ديگر از حكمت‏هاى نيامدن نام على و اهل بيت: در قرآن، اين است كه در اين كتاب الهى، آياتى درباره اهل‏بيت(ع) نازل شده كه بهتر بود نام علی در آن نیاید ؛ مانند آيه 55 سوره مائده كه مى‏فرمايد:
 «ولى و سرپرست شما تنها خداوند و پيامبرش و افراد مؤمن هستند؛ افراد مؤمنى كه نماز برپاى داشته و در حال ركوع زكات مى‏دهند.» دانشمندان شيعه و اهل سنت نقل كرده‏اند كه فقط حضرت على(ع) در حال ركوع انگشتر خود را به فقير داد. در نتيجه، تفاوتى نداشت كه خداوند متعال بفرمايد: «سرپرست شما خداوند و رسولش و حضرت على(ع) هستند.»، يا اين كه صفاتى از آن حضرت نقل كند كه منحصر به فرد بوده و تنها برحضرت على(ع) منطبق باشد. كسى كه به دنبال حقيقت باشد، از هردو گفتار، يك مطلب را مى‏فهمد.
3.  اما دلیل اصلی به نظر ما این است که اگر نام حضرت على(ع) به صراحت در قرآن مى‏آمد، به احتمال نزديك به يقين، نااهلان قرآن را تحريف مى‏كردند و به خاطر خصومت با آن حضرت و محو و حذف نام ايشان از قرآن، در قرآن دست مى‏بردند؛ چنان كه تا مدتى تدوين احاديث پيامبر اكرم(ص) را به همين منظور، ممنوع كردند! ولى در صورتى كه با ذكر اوصاف گفته شود، ديگر افراد نااهل دست به تحريف آيات قرآن نزده و ولايت اميرمؤمنان على(ع) نيز براى حقيقت جويان در آینده نیز روشن مى‏شود.(به کتاب تبار انحراف و مهار انحراف مراجعه کنید).
پس يقين بدانيد كه اگر حتى در صد آيه به صراحت نام حضرت على(ع) مى‏آمد، اين عده آن آيات را از قرآن حذف مى‏كردند چرا که دیگری به خلافت رسیده بودو این آیات با خلافت آنها مطابقت نداشت و قرآن تحریف می شد و بعد آنها  مى‏گفتند: «بقيه قرآن ما را كافى است.» و مردم نادان هم دم برنمى‏آوردند؛ چنان كه على(ع) و حضرت زهرا(س) را آن همه آزار دادند و مردم چيزى نگفتند. وانگهى خليفه اول و دوم كه صدها روايت از پيامبر(ص) را جمع‏آورى كرده و همه را سوزاندند.(مطالب بیان شده از قطعیات تاریخ و مورد قبول شیعه و سنی است)